Kerjasama pengelolaan kawasan lindung di area perbatasan meliputi wilayah Taman Nasional Betung Kerihun di Kalimantan Barat, dan Cagar Alam Lanjak Entimau serta Taman Nasional Batang Ai di Sarawak. Tujuan dari kerjasama ini adalah untuk meletakkan dasar bagi pembangunan masyarakat yang berbasiskan  konservasi dan untuk mengembangkan model yang efektif dalam  mengelola Taman  Nasional lintas  batas oleh kedua negara. Kerjasama ini pun merupakan lanjutan dari pilot project pendanaan ITTO (International Tropical Timber Organization) yang telah memasuki fase ke-3 yang akan dilaksanakan selama 4 tahun (2013 – 2017).

“Pada 2008, telah disepakati bahwa Transboundary Management adalah salah satu dari program utama tiga negara HoB. Pertemuan ini merupakan prestasi besar ke arah tercapainya visi HoB. Kami sangat senang karena kedua negara telah bekerja bersama dan telah menunjukkan komitmen mereka yang kuat untuk memenuhi amanah dari rencana aksi strategis HoB. Kami yakin bahwa ini akan membuka jalan kami untuk lebih melindungi hutan Borneo  dengan menghubungkan dan menjaga kawasan pelestarian yang ada di dalam kawasan HoB,” ungkap Wisnu Rusmantoro, Koordinator HoB Nasional untuk WWF-Indonesia.

Pengelolaan kawasan lindung di area lintas batas antara Indonesia dan Malaysia telah dirintis sejak 1995 dengan dukungan pendanaan ITTO dalam proyek TBCA (Transboundary Conservation Areas). Selain itu, kerjasama ini juga merupakan penerapan program-program utama yang telah disepakati dalam Rencana Aksi Strategis (Strategic Action Plans) 3 negara HoB diantaranya; pengelolaan  kawasan lintas batas negara, pengelolaan kawasan lindung, serta pengembangan ekowisata. Kesepakatan kerjasama di kawasan lintas batas ini juga disepakati dan tertuang dalam  laporan Trilateral Meeting ke-6 HoB pada September 2011 yang lalu.

Pertemuan yang diadakan pada 29-30 Januari 2013 di Hotel Aston Tropicana – Bandung, dihadiri oleh delegasi dari Brunei Darussalam, Indonesia dan Malaysia. Dalam pertemuan ini, ketiga negara membahas rencana kegiatan yang akan dikembangkan dan dilaksanakan bersama dalam 5 program  utama yaitu, peningkatan dan pengembangan ekowisata, peningkatan kapasitas, pemberdayaan  komunitas lokal, perlindungan sepanjang area perbatasan serta penelitian dan pengembangan kawasan. Pelaksanaan kegiatan-kegiatan dalam program  utama ini disepakati akan dilakukan sepanjang 3 tahun  (2013 – 2015) terlebih dahulu.

Selanjutnya untuk menindaklanjuti kegiatan ini, akan dibentuk Tim Teknis yang terdiri dari perwakilan Malaysia (Kementerian Kehutanan Sarawak), Indonesia (Kementerian Kehutanan Indonesia - PHKA) dan Brunei Darussalam  (Kementerian Industri dan Sumber Daya Alam, HoB Centre) serta didukung oleh para mitra, WWF-Indonesia dan WWF-Malaysia.  Pertemuan selanjutnya untuk membahas kerjasama ini akan dibicarakan pada saat pertemuan Trilateral Meeting HoB ke-7 yang pada tahun ini akan diadakan di Brunei Darussalam pada Agustus.