Hiu, pari, penyu, paus, lumba-lumba, dan dugong adalah spesies laut terancam punah dan dilindungi di Indonesia. Sebagian besar telah dilindungi sepenuhnya, namun populasinya terus menurun. WWF bekerja sama dengan para pemangku kepentingan untuk mendukung Pemerintah Indonesia dalam mengimplementasikan Rencana Aksi Nasional (RAN), serta upaya lainnya untuk mengurangi tangkapan sampingan, hingga penyadartahuan masyarakat untuk mengurangi konsumsi spesies laut dilindungi.
Di Indonesia terdapat tiga jenis spesies orangutan, yaitu orangutan sumatra (Pongo abelii), orangutan kalimantan (Pongo pygmaeus) dan orangutan tapanuli (Pongo tapanuliensis). Ketiganya berstatus kritis berdasarkan IUCN (International Union for Conservation of Nature).
