Titik kontrol adalah titik sampel survey yang lokasinya berada di luar kawasan konservasi. Pengambilan data di titik kontrol diperlukan dan penting untuk mengukur dan membandingkan bagaimana keberadaan kawasan konservasi memberi manfaat pada ekosistem dalam kawasan lindung itu sendiri.

Walaupun perlu dan penting melakukan pengambilan data berkala di dalam kawasan konservasi perairan untuk mengukur perubahan dari waktu ke waktu, melakukan pemantauan di luar kawasan memungkinkan kita melihat apakah juga ada perubahan yang terjadi secara alamiah di seluruh kawasan, yang mungkin mempengaruhi lingkungan di dalam dan di luar kawasan lindung. Data ini memungkinkan kita melihat apakah kehadiran sebuah kawasan konservasi perairan membuat lingkungan didalam batas kawasan konservasi tersebut lebih mampu bertahan terhadap kejadian-kejadian alam yang buruk seperti badai, penyakit, dan lain-lain.

Contohnya, saat data tahun 2014 nanti dibandingkan dengan data tahun 2015 dan 2016, kita bisa melihat sebuah peningkatan populasi ikan atau tutupan karang yang signifikan. Bila kita hanya memiliki data dari kawasan lindung, maka tidak bisa kita menentukan apakah peningkatan terjadi karena pengaruh perlindungan kawasan, atau sesungguhnya peningkatan kondisi ekologis tersebut bersifat general di seluruh kawasan. Dengan memiliki data dari luar kawasan, kita bisa membedakan perubahan populasi ikan akibat upaya perlindungan atau merupakan kejadian alamiah. Kita juga bisa menentukan apakah kawasan konservasi membawa perubahan positif, atau berhasil melindungi dari pengaruh negatif, bagi populasi ikan dan tutupan karang.

Saat ini juga merupakan waktu yang tepat untuk mengambil data, saat KKPD Alor belum ditetapkan oleh Menteri Kelautan dan Perikanan, juga KKPD Flores Timur masih dalam proses penyusunan zonasi. Jadi, data yang kami kumpulkan saat ini bisa dianggap sebagai data dasar, sebelum upaya perlindungan diberlakukan, dan dengan membandingkan data kami dengan data yang dikumpulkan di masa mendatang, kita bisa mengukur perubahan berkala yang terjadi di setiap titik pengamatan