Kawasan Konservasi Perairan (KKP) Suaka Alam Perairan (SAP) Selat Pantar dan Laut Sekitarnya yang ada di Kabupaten Alor merupakan salah satu kawasan konsevasi perairan yang telah ditetapkan oleh Kementerian Kelautan Perikanan RI melalui Surat Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor 35/KEPMEN-KP/2015 dengan luasan 276.693,38 hektar. Kawasan ini merupakan salah satu pusat keanekaragaman hayati laut di Bentang Laut Sunda Banda. Alor juga merupakan jalur migrasi biota karismatik seperti penyu dan mamalia laut diantaranya adalah paus, lumba-lumba, dan dugong.
Yayasan WWF-Indonesia berkomitmen dalam mendukung efektifitas pengelolaan Kawasan Konservasi Daerah (KKD) Flores Timur melalui inisiasi kemitraan antara Satuan Unit Organisasi Pengelola (SUOP) KKD Flores Timur: Kantor Cabang Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi NTT Wilayah Kabupaten Lembata, Flores Timur dan Sikka, Pemerintah Kabupaten Flores Timur dan masyarkat dalam rangka perlindungan dan pemanfaatan habitat dan populasi hiu karang secara berkelanjutan di Desa Pledo.
Perairan Kabupaten Manggarai Barat seluas 7.052,97 km², termasuk di dalamnya kawasan Taman Nasional Komodo, mempunyai keanekaragaman hayati laut yang tinggi. Keindahan alam bawah laut dan biota laut menjadi aset penting yang menunjang roda ekonomi pariwisata. Wisatawan datang ke Labuan Bajo, tidak hanya penasaran dengan satwa purbakala ini, namun juga ingin menyelam untuk melihat hiu, pari manta, dan keindahan terumbu karang.
Berdasarkan KEPMEN KP No 94, 95, dan 96 Tahun 2021. Taman Nasional Perairan (TNP) Laut Sawu ditetapkan sebagai Kawasan Konservasi Perairan dengan luas 3,5 juta ha. TNP Laut Sawu merupakan Kawasan Konservasi Perairan Nasional yang dikelola oleh Balai Kawasan Konservasi Perairan (BKKPN) Kupang.
Maluku Barat Daya merupakan kabupaten termuda di Provinsi Maluku yang berbatasan langsung dengan negara Timor Leste dan Australia, dengan 89% luas wilayahnya adalah laut. Melalui Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia tahun 2022 telah ditetapkan 3 kawasan konservasi di Kabupaten Maluku Barat Daya, tepatnya di wilayah Kecamatan Damer, Kecamatan Mdona Hiera, dan Kecamatan Romang dengan total luasan 943.762,08 hektar.
Yamdena merupakan pulau terbesar di Kepulauan Tanimbar. Kawasan konservasi ini secara legal telah ditetapkan melalui KepMen KP No.3 Tahun 2022. TPK Kabupaten Kepulauan Tanimbar yang memiliki luas 312.296,28 hektar. Sebagian besar kawasan di TPK Kabupaten Kepulauan Tanimbar merupakan daerah migrasi penyu, terutama perairan dengan ekosistem lamun yang padat. Di kawasan ini terdapat 4 jenis kima dari 7 jenis kima yang ada di Indonesia, yaitu kima lubang (Tridacna crocea), kima besar (Tridacna maxima), kima sisik (Tridacna squamosa), dan kima raksasa (Tridacna gigas).
Kawasan Konservasi Kei Kecil yang berada di Kabupaten Maluku Tenggara merupakan kawasan konservasi daerah (KKD) pertama di provinsi Maluku yang telah ditetapkan melalui Keputusan Menteri Kelautan Dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 6/Kepmen-KP/2016. Kawasan ini memiliki luasan sebesar 150.000 Hektar. Kawasan ini juga diperuntukan untuk melindungi area ruaya pakan dan migrasi bagi 4 spesies penyu yaitu Penyu belimbing (Dermochelys coriace), Penyu Hijau (Chelonia mydas), Penyu sisik (Eretmochelys imbricata) dan Penyu lekang (Lepidochelys olivacea) serta alur migrasi dan habitat mamalia laut.
Kawasan Konservasi Perairan (KKP) Pulau Koon terletak di Kecamatan Gorom, Kabupaten Seram Bagian Timur, Provinsi Maluku merupakan salah satu kawasan di SBS seluas 8.161,8 ha. Wilayah ini dikenal sebagai lokasi pemijahan ikan kerapu dan kakap. Selain itu, masyarakat setempat sangat tergantung kepada sumber daya laut sebagai mata pencaharian utama. Untuk menjaga kelestarian ekosistem di kawasan ini, WWF-Indonesia menginisiasi Kesepakatan Lokal Pengeloaan Kawasan Konservasi (Marine Conservation Agreement – MCA) bersama dengan Petuanan Adat Kataloka untuk mengelola kawasan seluas 2.537,6 ha.
Pulau Buru Utara memiliki masyarakat yang terbiasa mengonsumsi telur penyu sejak era tahun 1960-an. WWF-Indonesia berkolaborasi bersama pemerintah Desa Wamlana menginisiasi Kegiatan Pemantauan Pesisir Pantai Peneluran Penyu di Pulau Buru, yang dimulai dengan meningkatkan pemahaman dan kesadartahuan terkait perlindungan penyu kepada masyarakat lokal.
Kabupaten Wakatobi merupakan Kabupaten yang termasuk bagian dari Provinsi Sulawesi Tenggara. Kabupaten Wakatobi berbentuk kepulauan yang terdiri dari empat pulau terbesar yaitu: Wangi Wangi, Kaledupa, Tomia dan Binongko. Nama nama pulau tersebut selanjutnya dijadikan akronim nama Kabupaten Wakatobi. Wakatobi memiliki luas wilayah yang terdiri dari 97% laut dan 3% daratan.
Desa Sawai, Kabupaten Maluku Tengah menjadi salah satu tempat kami terbentuknya Kelompok Masyarakat Pengawas (Pokmaswas) Toha Putih. Pembentukan kelompok ini dalam rangka memberikan tambahan pemahaman dan kapasitas kepada para perwakilan masyarakat yang tinggal di dalam kawasan konservasi tersebut.