Kawasan ekologi Laut Sulawesi/laut Selat Makassar merepresentasikan zona pertemuan antara populasi Samudera Pasifik dan Samudera Hindia, atau percampuran antara berbagai jenis fauna dari Timur dan Barat Indonesia. Kawasan ini juga menjadi zona berkembang biak bagi sebagian besar populasi downstream. Kawasan ini kaya akan berbagai spesies yang langka dan unik. Kawasan ekologi Laut Sulawesi/laut Selat Makassar memiliki peran integral dalam konektivitas dan persebaran larva melalui "Indonesian Throughflow", tinggi akan kekayaan spesies, dan tingginya representasi keanekaragaman taksonomi dan genetik dari seluruh Indonesia. Kawasan perairan Sulawesi sangatlah penting bagi berbagai spesies Cetacea, terutama Paus Sperma yang berkembang biak di wilayah utara Sulawesi. Kawasan ini juga menjadi sumber makanan penting bagi Penyu dan menjadi koridor migrasi dan koridor migrasi pasca mereka bertelur.