Bentang laut ini adalah pusat dari Coral Triangle, dengan keankearagaman spesies terumbu dan spesies yang berasosiasi dengan karang tertinggi di dunia (misal karang keras, ikan karang, stomatopoda karang), habitat karang, dan tipe komunitas karang. Agregasi Hiu Karang, Ikan Kuwe, Pari Manta, Hiu Paus, dan Ikan Napoleon yang signifikan secara regional telah terdeteksi di wilayah ini. Papua menawarkan berbagai satwa dan habitat yang jarang ditemukan di tempat lain di Indonesia, termasuk wilayah melahirkan bagi Paus Sperma, wilayah berkumpulnya sebagian besar Penyu Hijau, wilayah berkumpulnya Penyu Belimbing Pasifik terbesar di dunia, tempat tinggal bagi Paus Bryde dan populasi Duyung. Bagian barat area ini (Halmahera) adalah penyambung penting antara populasi di Timur dan Tengah Indonesia.