Paparan Sunda berada di antara wilayah perairan dangkal terbesar di dunia. Wilayah ini berfungsi sebagai area penting untuk perpindahan dan migrasi berbagai jenis satwa di antara Samudera Hindia dan Samudera Pasifik. Kawasan ekologi ini juga menjadi lahan sumber makanan bagi Penyu Hijau, Penyu Sisik, dan Penyu Belimbing. Kawasan ini juga menjadi koridor migrasi dan koridor migrasi pasca bertelur bagi ketiga jenis Penyu tersebut. Kawasan ini selanjutnya berfungsi sebagai habitat penting bagi berbagai spesies Lumba-Lumba pesisir yang populasinya terus menurun di seluruh Asia. Kawasan ini memiliki sebaran hutan bakau yang signifikan secara regional, dan berbagai jenis burung yang bermigrasi di sepanjang pesisir timur Sumatera menggunakan Paparan Sunda/Laut Jawa sebagai rute migrasi yang penting. Meskipun tidak memiliki keanekaragaman fauna karang, namun kawasan ekologi ini memiliki keanekaragaman yang tinggi pada fauna subtidal.